世界受魔甲虫威胁大地遭其占据人类只能住在天空中的浮游都市里之后以魔力对抗魔甲虫的魔法师空战魔导士诞生了就读空战魔导士培育机构学园浮游都市密斯特岗的彼方英司是拥有黑之剑圣称号的S128特务小队的王牌然而如今他却被视为特务小队的叛徒而受到众人的轻蔑与厌恶……某天彼方被任命为连战皆败的E601小队教官这支小队收容了三名个性特异的少女由叛徒与问题学生少女们展开的进击现在启动