有230万人口其中八成人口为学生的「学园都市」是比其他地区科技更为先进并从事「超能力开发」的特殊地区而整座学园都市中仅有七人的等级5超能力者之一御坂美琴由于她的能力与个性使然因而被卷入了学园都市中所发生的种种事件……